More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0056 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0056  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0008  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00250215  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0039  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.436106  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0072  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0057  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00765372  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0009  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0057  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0965803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0018  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000251336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0004  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258987  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0045  tRNA-Ala  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0061  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.055135 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0043  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.345633  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0081  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0068  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102371  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0037  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0049  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.344896 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0019  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0054  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0023  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0006  tRNA-Ala  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0006  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0020  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0044  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167304  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0062  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0023  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.365423 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0031  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0007  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0020  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.530354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0042  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.333285 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0015  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0008  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.532547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0051  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0061  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.842258  normal  0.752535 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0041  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0036  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0016  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.168843  normal  0.312064 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0003  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0014  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288772  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0072  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.204663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0037  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0014  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0037  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000878402  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0003  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00193312  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0013  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000457589  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0057  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0288839  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0077  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000402465  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0085  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00934773  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0386  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0050  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.142623  normal  0.530513 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0011  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.454361  hitchhiker  0.00914283 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0041  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3082  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0030  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857706 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0016  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000267693  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0054  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0065  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0065  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0016  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000390105  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0054  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.755946  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t32  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.318982  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t37  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00721336  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0042  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0052  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0033  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0013  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0002  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0260  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1084  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0066  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00138372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0027  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0002  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1020  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1584  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1792  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00323492  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0002  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00060  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0512928  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0101  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00826965  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0553  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2450  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2493  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0050  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0060  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0003  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000305721  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0016  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216953  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1169  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000639478  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3107  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>