56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_R0002 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0070  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0002  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0002  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0025  hypothetical protein  100 
 
 		 1080 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00265781  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0002  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.30172 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0002  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0049  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0002  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0002  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0031  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0202697  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0056  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0029  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0034  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.151795  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0026  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0015  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000110801  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0002  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0002  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.157867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3218  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.229381  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3219  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.232653  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3220  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0584974  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3221  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0555277  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3222  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.055188  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3223  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0588431  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0083  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.380534  normal  0.052943 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0082  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.278662  normal  0.0519347 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0081  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.277615  normal  0.0524601 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0080  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273364  normal  0.0951081 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0079  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.101536  normal  0.15355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0078  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0323517  normal  0.156199 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0077  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.035914  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0002  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_265  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0005  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.177438  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>