236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0002 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.157867  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0003  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0411773  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0002  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534142 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0002  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353187  normal  0.0609648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0002  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0002  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.22367  normal  0.0175054 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0002  tRNA-Ala  93.24 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0049  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0001  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0032  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0018  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0308139  normal  0.84994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0049  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0002  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0067  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000523585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0072  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0002  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0004  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.892843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0041  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0047  tRNA-Ala  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  89.29 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0016  tRNA-Ala  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000587124  normal  0.11774 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0027  tRNA-Ala  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000535173  decreased coverage  0.000361063 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2179  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02886  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.96324  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-1  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.581803  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.57043  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.752155  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1590  tRNA-Val  88.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0985046  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0510  tRNA-Val  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.228812  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2476  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2123  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0008  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00250215  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0039  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.654664  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0042  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.408267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1161  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0179935  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1157  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00434161  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0513  tRNA-Val  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309523  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0022  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.692684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2183  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2218  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0023  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2260  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.177016  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0021  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0598  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.149876  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0602  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.375399  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0033  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.397319  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0028  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.217171 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0019  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1953  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1735  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000539085  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1739  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000050357  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3351  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0607256  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0042  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2318  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0283125  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2359  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1228  tRNA-Val  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0055  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100813  normal  0.0566569 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0032  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.168105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0037  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0051  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0021  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000106448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0034  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000564918  normal  0.218531 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0053  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113148  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0002  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0027  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0047  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0721509  normal  0.0848173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0045  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000428882  hitchhiker  0.00000000692947 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0013  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.459697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0051  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114614  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0049  tRNA-Val  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0385641  normal  0.0854931 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309282  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.127609 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309290  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0004  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0010  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.407573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0038  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0010  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0057492  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0005  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.352047  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309372  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.272937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0027  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.877101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0018  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0605541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0019  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.399377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0037  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00519956  normal  0.826758 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309089  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309140  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309204  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72887  normal  0.842293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>