56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_R0070 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0070  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0002  tRNA-Ala  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0002  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0002  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0002  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0002  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.30172 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0002  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0025  hypothetical protein  95.24 
 
 		 1080 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00265781  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0002  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0016  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000587124  normal  0.11774 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0027  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000535173  decreased coverage  0.000361063 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.644094 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0004  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.155196  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0002  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0002  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534142 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0003  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0411773  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0002  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353187  normal  0.0609648 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0002  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.22367  normal  0.0175054 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0002  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0045  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.134628  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 67 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0051  tRNA-Thr  84.13 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.502302 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0057  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0074  tRNA-OTHER  100 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000375084  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0055  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.105758  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0042  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0276832  normal  0.778358 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0015  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000110801  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0052  tRNA-Ala  83.87 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0056  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167175  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_R0038  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00100  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0023  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112621  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0056  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0017  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.530657  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0020  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.387478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0031  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0202697  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0026  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>