More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_00110 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  147  4.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0002  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0002  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000000554808 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0002  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0002  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.478829 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00100  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0058  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0350948  hitchhiker  0.00476067 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0056  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0031  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000044944  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0013  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0927028  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0032  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0030  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0510531  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309149  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0382478  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309258  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.195414 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0028  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.408156  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0028  tRNA-Ala  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.139647  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0056  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6555  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0037  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0019  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0016  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.262033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0067  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000523585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0057  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.185628  hitchhiker  0.000293533 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0072  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0054  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0062  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0469123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14002  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0010  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.560104  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0008  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.644094 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0002  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309073  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0002  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS00330  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00103294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00265908  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00338762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000177246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000586808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1475  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000234459  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3560  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000184914  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0082  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000376598  normal  0.235119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275815  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0217689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130788  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>