108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0020 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0042  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0276832  normal  0.778358 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0020  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.387478  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0017  tRNA-Asn  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.530657  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0056  tRNA-Asn  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.167175  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0021  tRNA-Asn  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0022  tRNA-Asn  97.26 
 
 
73 bp  129  9.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0018  tRNA-Asn  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857849  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0017  tRNA-Asn  95.89 
 
 
73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.808131  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0042  tRNA-Asn  100 
 
 
73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0018  tRNA-Asn  98.18 
 
 
73 bp  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.340441  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0040  tRNA-Asn  95.16 
 
 
73 bp  99.6  8e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.560238 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0040  tRNA-Asn  95.16 
 
 
73 bp  99.6  8e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0924427  normal  0.0110703 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0042  tRNA-Asn  95.16 
 
 
73 bp  99.6  8e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00699754 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0020  tRNA-Asn  90.41 
 
 
76 bp  89.7  8e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0246205 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0056  tRNA-Lys  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0078  tRNA-Asn  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0018  tRNA-Asn  91.38 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.723624  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0064  tRNA-Lys  97.22 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11930  tRNA-Asn  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0127142  normal  0.206625 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0011  tRNA-Asn  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.36604 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0075  tRNA-Asn  93.02 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0888868  normal  0.929022 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0027  tRNA-Asn  89.66 
 
 
75 bp  60  0.00000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0226012  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0075  tRNA-Asn  89.47 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000782806  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13840  tRNA-Asn  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.305129  normal  0.453379 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0031  tRNA-Asn  87.72 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.167609  hitchhiker  0.00292997 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0027  tRNA-Asn  84.93 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.742909  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0030  tRNA-Asn  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  94.44 
 
 
1971 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0041  tRNA-Asn  90.91 
 
 
75 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000401156  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0055  tRNA-Asn  90.91 
 
 
75 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0338402  normal  0.0404026 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0010  tRNA-Asn  90.91 
 
 
75 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00716617  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0019  tRNA-Asn  87.5 
 
 
73 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.615081  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0032  tRNA-Asn  94.29 
 
 
73 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.260043  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0021  tRNA-OTHER  92.31 
 
 
75 bp  54  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0370611 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0029  tRNA-Asn  94.29 
 
 
73 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0716231  normal  0.649346 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0033  tRNA-Asn  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.179763  normal  0.590864 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0029  tRNA-Asn  94.29 
 
 
73 bp  54  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.289223 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0032  tRNA-Asn  94.29 
 
 
76 bp  54  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.275296  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0032  tRNA-Asn  90.7 
 
 
75 bp  54  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000118975  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0052  tRNA-Asn  90.7 
 
 
75 bp  54  0.000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.274445  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0038  tRNA-Asn  90.7 
 
 
73 bp  54  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.63633e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0030  tRNA-Asn  94.29 
 
 
73 bp  54  0.000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0023  tRNA-Asn  89.36 
 
 
75 bp  54  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0800816  normal  0.0382047 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0021  tRNA-Lys  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0223397 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  86.21 
 
 
73 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  86.21 
 
 
73 bp  52  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1190  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.370145  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0042  tRNA-Asn  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000213291  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0057  tRNA-Asn  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000258126  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0084  tRNA-Asn  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000101082  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0033  tRNA-Thr  84.29 
 
 
73 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.190233  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14020  tRNA-Asn  92.11 
 
 
76 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0042  tRNA-Asn  92.11 
 
 
76 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0001  tRNA-Lys  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14025  tRNA-Asn  85.96 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0010  tRNA-Asn  90.24 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0056  tRNA-Asn  90.24 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0034  tRNA-Lys  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0046  tRNA-Asn  88.64 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000438638  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  84.38 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0042  tRNA-Asn  88.64 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000010951  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0083  tRNA-Asn  88.64 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.233313  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0029  tRNA-Asn  88.64 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0054  tRNA-Asn  88.64 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0090  tRNA-Asn  88.64 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt02  tRNA-Asn  91.43 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00232285  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0053  tRNA-Asn  88.37 
 
 
75 bp  46.1  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0280094  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249059  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0060  tRNA-Lys  85.45 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.260186  normal  0.112071 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0070  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0024  tRNA-Lys  96.15 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.811183  normal  0.137661 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  100 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0051  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.502302 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  100 
 
 
78 bp  44.1  0.004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0007  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385083  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0003  tRNA-Asn  91.18 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.401979  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0004  tRNA-Asn  91.18 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.392598  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0005  tRNA-Asn  91.18 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.657067  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0048  tRNA-Asn  91.18 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.667802  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  100 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>