99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_R0040 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.184579  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0038  tRNA-Val  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0835674  normal  0.174282 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0036  tRNA-Val  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0047  tRNA-Val  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0462581  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0045  tRNA-Val  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000126264 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12080  tRNA-Val  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.116245  normal  0.143948 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  91.07 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0030  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857706 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0041  tRNA-Ala  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0037  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0014  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288772  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0036  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0014  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0037  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1374  tRNA-Val  89.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.110948 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2183  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2179  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2218  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2260  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.177016  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0513  tRNA-Val  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309523  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-1  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.581803  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0510  tRNA-Val  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.228812  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0598  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.149876  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.57043  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0019  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0602  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.375399  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1735  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000539085  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1739  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000050357  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0049  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1157  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00434161  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1161  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0179935  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1590  tRNA-Val  90.24 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0985046  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0075  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_3981  hypothetical protein  100 
 
 		 564 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  93.94 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09430  tRNA-Met  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.588566 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06650  tRNA-Met  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0162553  normal  0.0748507 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0476  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000249939  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1191  tRNA-Ala  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0467574  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0061  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.686895  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0036  tRNA-Met  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.572801  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0007  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00110139 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0050  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0051  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  85.19 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  87.04 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1399  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.756645 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0055  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00022808  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34030  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.76483  normal  0.54682 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00519956  normal  0.826758 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01870  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.877101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0075  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.532419 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0605541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25110  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0008  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>