138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_R0006 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  97.14 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3144  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  94.2 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna12  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562773  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0002  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0014  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0014  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.580851  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0064  tRNA-Ala  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.805533 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0080  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190883 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0015  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0017  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0016  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4339  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.838936  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0019  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.189321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0046  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0016  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0007  tRNA-Ala  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.110552  normal  0.490785 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0045  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000428882  hitchhiker  0.00000000692947 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0047  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0721509  normal  0.0848173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0049  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0385641  normal  0.0854931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0051  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114614  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0053  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113148  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0055  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100813  normal  0.0566569 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt02  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt11  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt02  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt11  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0050  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000486604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07560  tRNA-Ala  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.458436  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0060  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0042    100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00632518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13160  tRNA-Ala  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.10655  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.219197  normal  0.118298 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>