147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0011 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32560  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0071  tRNA-Thr  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0064  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.333908 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24830  tRNA-Thr  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0050  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.573198  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0051  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0011  tRNA-Thr  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186323  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0008  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.443897  hitchhiker  0.0012739 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0056  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218675 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0023  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1366  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0053  tRNA-Thr  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.869905 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0055  tRNA-Thr  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.653015  normal  0.0209073 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0015  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0014  tRNA-Thr  92.98 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.133787 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0064  tRNA-Thr  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0011  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0025  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000414519  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0048  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00108032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0062  tRNA-Thr  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.768069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0054  tRNA-Thr  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0016  tRNA-Thr  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.121936  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0024  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35760  tRNA-Thr  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.575984  normal  0.377782 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0053  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0051  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.536452  normal  0.0513822 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0049  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0574229 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0057  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133724  normal  0.356392 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14039  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.672342  normal  0.0461777 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25010  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0012  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0031  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000818386  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0052  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0054  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.788475 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0052  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0053  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.94917  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0052  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0015  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0007  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0013  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0510336  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0017  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0009  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.170305  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0073  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.714988  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0009  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.246442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0048  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.528546 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03510  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.495838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0054  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0066  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0641093  normal  0.577615 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0014  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0069  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21220  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0009  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0024  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000548413  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0054  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2181  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2185  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna8  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.222238  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0045  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0158  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0011  tRNA-Thr  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.176514  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0011  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>