More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_R0015 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  96 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  96.23 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  89.06 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0058  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0554594 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0059  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.105531  normal  0.0549747 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0056  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102951  normal  0.0568899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0057  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102505  normal  0.0559478 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0027  tRNA-Thr  95 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.000602514  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0011  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000345873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>