More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_tRNA-Thr-3 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 72 bp  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 72 bp  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0028  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.696434  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  93.22 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0041  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.550306  hitchhiker  0.00560098 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0001  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0011  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000646692  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0046  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871205  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0045  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.146924  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15370  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00052169  normal  0.0383592 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0053  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>