118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0586 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0055  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0001  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0031  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.250775 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0069  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  94.29 
 
 		 324 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0031  tRNA-Arg  90.2 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1373  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000017681 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0645499  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_629  tRNA-Arg  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1397  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0012  tRNA-Arg  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.792463  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  83.82 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0057  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000324557  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0028  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000573287  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t078  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0062  tRNA-Thr  88 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.825688 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0054  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0055  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.782572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0090  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0084  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0099  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0006  tRNA-Thr  88 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.168855  normal  0.285381 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0108  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0177881  hitchhiker  0.00685945 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>