95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_R0012 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14009  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  145  2e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0062  tRNA-Thr  98.04 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0009  tRNA-Thr  89.86 
 
 		 75 bp  81.8  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0475152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0021  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0625627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0013  tRNA-Thr  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0005  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA51  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0701295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0046  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0468144  normal  0.358768 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0052  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0036  tRNA-Thr  90.54 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0020  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0007  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.237633  hitchhiker  0.00714084 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t04  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.36184  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0030  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0005  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.63313  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0275  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000205711  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0007  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0038  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.70785  normal  0.208879 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0037  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0388732 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0024  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0072  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.465958  hitchhiker  0.00803701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0057  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4335  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0070  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000211747  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0077  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000188112  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0049  tRNA-Thr  88.31 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05587  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000149657  normal  0.0701364 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0040  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000348872 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0005  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0011  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137284  normal  0.0115711 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3085  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000338041  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0014  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116743  normal  0.141702 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0014  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000427945  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0013  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000441208  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000416702  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0057  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145876  hitchhiker  0.000000719754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0048  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.623542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0022  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 72 bp  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3795  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128346  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0069  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00993164  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0056  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0111608  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0071  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0072869  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0051  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.802043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0012  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.11185e-23  normal  0.0771857 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0014  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000027785  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3187  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000488058  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1905  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000256586  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0035  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0205002  normal  0.0343396 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0057  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0059  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000579728  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3763  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152532  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3825  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.366335  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3460  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.0000610299  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0054  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637165 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0049  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.528142  normal  0.775121 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0009  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000238051  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0038  tRNA-Val  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.290735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0056  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.752628 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0003  tRNA-Thr  90 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.300151 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0061  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000697471  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0058  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.340534  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0005  tRNA-Val  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.642292 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0025  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  84.51 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0005    85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0005  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0020  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.190348 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0057  tRNA-Thr  86 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.590224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0014  tRNA-Lys  86 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079807 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0044  tRNA-Thr  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000154669  normal  0.0727135 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0062  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.825688 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0006  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 72 bp  44.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.168855  normal  0.285381 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0198  tRNA-Thr  85.19 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>