77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0051 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_R0051  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  92.86 
 
 
73 bp  79.8  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35760  tRNA-Thr  93.1 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.575984  normal  0.377782 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0011  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0008  tRNA-Thr  89.47 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.443897  hitchhiker  0.0012739 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  90.2 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0011  tRNA-Thr  87.93 
 
 
73 bp  60  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0023  tRNA-Thr  92.68 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0044  tRNA-Thr  86.3 
 
 
72 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00954192  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0028  tRNA-Thr  87.5 
 
 
76 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154592  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  85.94 
 
 
76 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24830  tRNA-Thr  90.38 
 
 
77 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  86.67 
 
 
76 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  88.46 
 
 
76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1366  tRNA-Thr  90.24 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  96.55 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03660  tRNA-Thr  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.018948  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0031  tRNA-Thr  85.71 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000818386  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0040  tRNA-Thr  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000012917  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0048  tRNA-Thr  96.43 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00108032  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0025  tRNA-Thr  96.43 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000414519  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21430  tRNA-Thr  85.71 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.000055633  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0015  tRNA-Thr  85.71 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.664348  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0045  tRNA-Thr  85.71 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  86.54 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0024  tRNA-Thr  96.43 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  85 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  85 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0019  tRNA-Thr  85.71 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000126539  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0014  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.269962  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.882837  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  93.33 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  84.48 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  84.48 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32560  tRNA-Thr  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.495919  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  84.48 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  84.48 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  93.33 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0017  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0024  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0513079  normal  0.0822936 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0016  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.650839  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  93.33 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  88 
 
 
75 bp  44.1  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  84.48 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0008  tRNA-Thr  96.15 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000079978  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  84.48 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  84.48 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  84.48 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0024  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.831109  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  84.48 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>