206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_R0043 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26520  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13480  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0059  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.442507 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.159115  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0010  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.158733  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0019  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000126539  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0033  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.258005  decreased coverage  0.00480976 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0026  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.382296  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00074  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000415552  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0094  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168631  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna048  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000703931  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4383  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna103  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000044405  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4351  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000576988  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4505  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000183891  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5100  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna096  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000631755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0109  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000358604  hitchhiker  0.0022661 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr02  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4548  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000034857  hitchhiker  0.00000000000110779 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4424  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000165207  hitchhiker  0.0000465726 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4717  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.16021e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna100  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000040947  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5033  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.631552  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5441  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000104819  hitchhiker  0.00042936 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna094  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000050133  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1179  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960939  hitchhiker  0.000000000000835142 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4473  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000034435  hitchhiker  0.00000000000000876352 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0003  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000427431  normal  0.385023 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2719  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000211587  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2867  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000032371  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2869  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000115507  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4470  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000595919 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00005  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0026  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0042  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0073  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0284  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.359801  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0072  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000258619  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R20  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180694  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0090  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000130806  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0028  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154592  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0034  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1108t  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.121415  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3120t  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000534878  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3123t  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000529436  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>