120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_R0034 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0025  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0169  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1226  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.186423  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0019  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216458  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0018  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0043  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0058  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000210733  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0194  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0042  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0849225  normal  0.475957 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0012  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0014  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000102189  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.159115  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0049  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309124  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.127335  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16771  hypothetical protein  100 
 
 		 120 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.147868  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0010  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0835674  normal  0.174282 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0061  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0045  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0394104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.936837  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.569258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>