252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0053 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  85.94 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  85.94 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0007  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0038  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.266869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0037  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0007  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.10375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0023  tRNA-Ala  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0075  tRNA-Lys  86.79 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0183484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0613646 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1858  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0476  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000249939  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0209  tRNA-His  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.524642  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.288772  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0193  tRNA-Asn  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000233964  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>