299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0001 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0001  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0487853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0084  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  151  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0051  tRNA-Lys  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.022056 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0049  tRNA-Lys  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.858771  hitchhiker  0.000592487 
 
 
-
 
NC_003295  RS04831  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0009  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0006  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.276121  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0045  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000363633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0039  tRNA-Lys  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys01  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000157886  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys02  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000433132  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLys03  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00045675  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0035  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198298 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0028  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.696434  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000411683  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0006  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0028  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.196186  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0031  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0004  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21987  normal  0.244967 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0021  tRNA-Lys  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.674818  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0049  tRNA-Lys  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0033  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0061  tRNA-Lys  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0165866  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0047  tRNA-Lys  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.101191  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0042  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118118  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0054  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0015  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0122197  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3206  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0020  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000489329  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0030  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.407731  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.569019  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0021  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0160361  normal  0.0210498 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0033  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.177696  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0064  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0550345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3259  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1952  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2658  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0806589  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t13  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0016  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000293232  hitchhiker  0.00358578 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1370  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.598749  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3244  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.489776  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0032  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000262345  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0035  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0989882  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0020  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.768536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0029  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0009  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000774106  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0055  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.429653  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0036  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.415695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0824  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0036  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0040  tRNA-Lys  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0040  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0023  tRNA-Lys  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0320395 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>