218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0020 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_R0020  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889352  normal  0.733975 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0019  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0563192  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000558308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0045  tRNA-His  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000886239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0045  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0009  tRNA-His  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000796355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0010  tRNA-His  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0197476  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0186  tRNA-His  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt23  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt23  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0008  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.958243  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  88.16 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0069  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0018  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338609  normal  0.373467 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  90 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0022  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0048  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000353919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0125  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0101  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839897  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t026  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t099  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0040  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000863654  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0050  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0015  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0132  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0026  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00252757  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000738141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240103  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0142  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788034  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0143  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0386713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0021  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000629735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0115  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000444508  normal  0.0132879 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0115  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000103194  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0136  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000000985784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0019  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.301906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0085  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0021  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00392038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0112  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000282154  normal  0.565936 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0029  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0028  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000239191  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0118  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0054  tRNA-His  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t002  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t095  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000636762  normal  0.0906455 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0031  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110358 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0039  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000465225  normal  0.429599 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3788  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4649  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241852  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0034  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-His-3  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1995  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180123  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2495  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.374126  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1715  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.161636  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0048  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0372  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381541  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1828  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1842  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0661069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0789  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.530119  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0095  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0119  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0557096  normal  0.380201 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0106  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.83328e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02876  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0313769  normal  0.542312 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0066  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308433  normal  0.0175019 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0022  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.182348  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4711  tRNA-His  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.57467e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0024  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0036  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0370477  normal  0.249392 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0035  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0023  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0776121 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0032  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00257148  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0024  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.961461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0036  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.420238  normal  0.0855626 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0031  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.610442 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0064  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0431987 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0046  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0096  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000270279  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>