More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_R0063 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000809396  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000540506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.808449  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0016  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128049  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0003  tRNA-Ala  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0039  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0737446 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0047  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4580  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0049  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4552  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566095  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0056  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.216594  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0038  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0056  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0048  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.498854 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0040  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130821  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0058  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.168421  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6555  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6552  tRNA-Ala  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4205  tRNA-Ala  93.42 
 
 
78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556554  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0469  tRNA-Ala  93.42 
 
 
78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000319828  normal  0.0257822 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0103  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000241452  normal  0.0209132 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4292  tRNA-Ala  93.42 
 
 
78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000724507  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0004  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000571046  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0047  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000145993  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla01  tRNA-Ala  93.42 
 
 
79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla02  tRNA-Ala  93.42 
 
 
79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4264  tRNA-Ala  93.42 
 
 
78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000257856  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0084  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0403496  normal  0.138563 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0627  tRNA-Ala  93.42 
 
 
78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351596  normal  0.0173581 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0128  tRNA-Ala  93.42 
 
 
78 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000050642  normal  0.0403899 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0017  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00161415  hitchhiker  0.00407434 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0060  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000375554  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  98.28 
 
 
73 bp  107  4e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0040  tRNA-Ala  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000841644  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0020  tRNA-Ala  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0062  tRNA-Ala  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.128618  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t04  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t10  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0117548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t16  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.266667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t41  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t62  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.132362  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA15  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.140136  normal  0.0102335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA50  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000979507  normal  0.305106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA6  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0168581  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA72  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000170851  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA81  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00142149  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0012  tRNA-Ala  96.55 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00270892  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R14  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000817824  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R3  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00599738  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R43  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000550301  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R58  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000367704  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R79  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000916269  hitchhiker  0.00756682 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R92  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000124955  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0091  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000036342  hitchhiker  0.00439232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0033  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000292455  normal  0.447414 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0015  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00408326  hitchhiker  0.00315011 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0008  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000983847  hitchhiker  0.000163043 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0097  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000376718  normal  0.165584 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0011  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000293397  hitchhiker  0.000919348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0062  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000746222  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0060  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000273656  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0023  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000263771  hitchhiker  0.000576138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0078  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000280494  normal  0.145068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0054  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00629084  normal  0.3868 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0006  tRNA-Ala  92.86 
 
 
76 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000138481  normal  0.649612 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0083  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000917058  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0037  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00177627  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000368246  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517432  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2045  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000150317  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0009  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.441626  hitchhiker  0.00992497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0022  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000187329  normal  0.052619 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0073  tRNA-Ala  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0105913  normal  0.127939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>