136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_tHis01 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_tHis01  tRNA-His  100 
 
 		 80 bp  159  1e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  96.61 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0047  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0078  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1684  tRNA-His  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.592978  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2136  tRNA-His  86.11 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00922633  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2211  tRNA-His  86.11 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.240288  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1469  tRNA-His  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0039  tRNA-His  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0312373 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0085  tRNA-His  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317086  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-His-1  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.34848  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1762  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2041  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000147998  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0011  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0011  tRNA-His  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  91.89 
 
 		 70 bp  50.1  0.00008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1417  tRNA-His  88.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0038  tRNA-His  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.556926 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Met-1  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0953883  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t014  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t108  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000118343  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000218585  hitchhiker  0.0000000000151476 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0030  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000378723  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t013  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000114065  hitchhiker  0.000000000483497 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0012  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0594499 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000017089  normal  0.142093 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524362  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0033  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000181749  normal  0.113479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0037  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000667787  normal  0.114256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0038  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000161182  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0031  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000967357  normal  0.0254093 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0035  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000026454  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0106  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000245591  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0108  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000925479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0112  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000385548  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0096  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000771704  normal  0.141608 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0100  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000240677  normal  0.14602 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0101  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000109758  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0105  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000402123  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0011  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00653203  hitchhiker  0.000515394 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0101  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839897  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0116  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000126363  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000849976  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0131  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542069  normal  0.386091 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0134  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000283847  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0026  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00252757  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0142  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788034  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0153  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000229594  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0156  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0159  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000201379  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309368  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0125  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000214753  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0129  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000830942  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0015  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0049  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.538867  hitchhiker  0.000544539 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0062  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0003  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212749  normal  0.769134 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0056  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00769688  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0043  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.077359  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0059  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0026  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0211929  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000510908  normal  0.912262 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0435849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0005  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.125114  hitchhiker  0.00000268461 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0027  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0579561  normal  0.867818 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.885368  normal  0.217926 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0061  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245011 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0068  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000051508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAMetVIMSS1309376  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515104  hitchhiker  0.0000016198 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0789863  normal  0.0348926 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.206822  hitchhiker  0.00501521 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>