299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0023 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tHis01  tRNA-His  91.8 
 
 		 80 bp  81.8  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  89.47 
 
 		 70 bp  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0034  tRNA-His  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0049  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0011  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0039  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0312373 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0039  tRNA-His  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-His-1  tRNA-His  85.33 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0054  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0015  tRNA-His  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.956741  normal  0.235739 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0036  tRNA-His  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0000713799  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0101  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839897  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0015  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0026  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00252757  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0142  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788034  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  87.3 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777781  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0056  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0054  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000015644  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1400  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.754313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0021  tRNA-His  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0582206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0571511  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14160  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0476  tRNA-His  90.91 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000249939  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13730  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>