284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0037 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0085  tRNA-His  88.71 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317086  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  87.5 
 
 		 70 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0006  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1085  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA17  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.461525 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0042  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0014    100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA9  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0062  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.648574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.848767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17499  normal  0.116646 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0219307 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0069  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0048  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.622626  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0651  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.672568  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt31  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0753679  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t03  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0017  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>