94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0011 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  97.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_002950  PGt37  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_002950  PGt46  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_002950  PGt31  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0470  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0051  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.105728  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07711  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.365752  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15450  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0490498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0008  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135162  normal  0.696922 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0181  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00212444  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0035  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0062  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000079557  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0051  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.430637  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>