194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_R0040 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0085  tRNA-His  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317086  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0051  tRNA-His  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000083549  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4228  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102748  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t55  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t56  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  hitchhiker  0.000000167745 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t35  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0521138  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA41  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.179382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA42  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191671  normal  0.176048 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1133  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646427  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0012  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000181787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0339  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0351781  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2596  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.400265  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000276019  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2581  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0567199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2580  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0938444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0076  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00448767  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal03  tRNA-Val  100 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000456569  normal  0.401472 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0075  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00433017  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0580435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28190  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.018303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.105423  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00187665  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1541  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.713195  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0071  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193392 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0046  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  normal  0.0470696 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0053  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0699636  normal  0.799268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0691597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2457  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499895  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4229  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000067821  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4230  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000689927  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4667  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334967  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4668  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5035  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000158599  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>