161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_R0082 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  92.86 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0041  tRNA-His  90.67 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458383  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0031  tRNA-His  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000176121  normal  0.0395456 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  90.91 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.435394 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0051  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000083549  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  92.98 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0014  tRNA-His  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0346111  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  89.39 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0036  tRNA-His  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0000713799  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  91.23 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  97.5 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0070  tRNA-His  90 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0203804  normal  0.914236 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  89.83 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0057  tRNA-His  85.9 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  88.68 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13120  tRNA-His  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.100259  normal  0.836167 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  85.29 
 
 
77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  88.14 
 
 
76 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0014  tRNA-His  85.71 
 
 
76 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808445  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0002  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0009  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000412211  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0016  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0063  tRNA-His  85.96 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000214057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0064  tRNA-His  85.96 
 
 
75 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000223288  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0015  tRNA-His  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.956741  normal  0.235739 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0096  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000270279  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  84.42 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0090  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000216717  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4200  tRNA-His  96.55 
 
 
78 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1543e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0004  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000344826  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0088  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0526  tRNA-His  96.55 
 
 
78 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000639476  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0043  tRNA-His  96.55 
 
 
76 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0173086  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0037  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.060369  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0036  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  86.54 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0058  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00305768  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-His-1  tRNA-His  83.78 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000011209  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5801  tRNA-Ile  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00827668  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5640  tRNA-Ala  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5714  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.287498  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5617  tRNA-Ile  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0278362  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  100 
 
 
80 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00325098  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  100 
 
 
80 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  100 
 
 
80 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0703604  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  100 
 
 
80 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.667521  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  100 
 
 
80 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  100 
 
 
80 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.426749  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-3  tRNA-Ile  100 
 
 
80 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000656223  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Ile-4  tRNA-Ile  100 
 
 
80 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.438933  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0021  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0055  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0078  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0007  tRNA-Ile  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1568  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1603  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.840001 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1800  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  3.21567e-16 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1806  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000532501 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0028  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.822352  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0066  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5312  tRNA-Ile  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.122008  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0018  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.891633  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5742  tRNA-Ile  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000134738  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4561  tRNA-Ile  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000271401  normal  0.0816805 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0114  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00549183  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5288  tRNA-Ile  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.330851  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0008  tRNA-Ile  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0344807  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0032  tRNA-Ile  100 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.243312  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>