299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_R0018 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0023  tRNA-Val  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  94.2 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  94.12 
 
 		 74 bp  103  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  91.43 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  92.31 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0007  tRNA-Val  93.22 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00275012  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0052  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00919857  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0033  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0088  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.109488  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0073  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.618922  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0074  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.593802  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0066  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603715  normal  0.0472692 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02187  tRNA-Val  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0032  tRNA-Val  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  hitchhiker  8.04575e-18 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna123  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.193593  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0051  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.959203 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02186  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0010  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  88.46 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0004  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0212233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0961  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0032972  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1734  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528515  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2749  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2904  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  88.46 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0004  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.559063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0041  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0006  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0001  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.400265  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000276019  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal03  tRNA-Val  88.46 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0076  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083212  hitchhiker  0.00562166 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0039  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00187665  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0001  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1710  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713691  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>