172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_R0023 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  89.71 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0007  tRNA-Val  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00275012  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0028  tRNA-Val  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00019483  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t097  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t098  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0023  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000214609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0117  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000471019  normal  0.0136219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0117  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000010533  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0134  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000115424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0135  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000102707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0021  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.29162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.281801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0087  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686705  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000587442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0116  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.145812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0131  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0021  tRNA-Val  89.13 
 
 		 69 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  93.94 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>