285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0039 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  97.33 
 
 		 75 bp  133  6e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  103  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0018  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0054  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.452754 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  96.49 
 
 		 75 bp  97.6  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0061  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.700263  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2783  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0812706  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4309  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0033  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.675019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0025  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.149964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1831  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0061  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0001  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0019  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0028  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.163089  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0002  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.884588  normal  0.179612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0046  tRNA-Val  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.052544 
 
 
-
 
NC_003295  RS03462  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000504437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0032  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  90.14 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  92.98 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  89.71 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  94 
 
 		 72 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  91.23 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309132  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0611  tRNA-Val  88.24 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0857734  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0026  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.289153  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0024  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0024  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0035  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.81932  normal  0.306729 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0038  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.405817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0027  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31278  normal  0.51175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0054  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214372  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  87.84 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0036  tRNA-Val  87.32 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.012717  normal  0.28653 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0035  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0205002  normal  0.0343396 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0030  tRNA-Val  86.96 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>