291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0015 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0010  tRNA-Val  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  96.36 
 
 
74 bp  93.7  6e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  94.83 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  94.74 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  87.84 
 
 
79 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  87.84 
 
 
79 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  87.84 
 
 
79 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95.56 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.301674  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_966  tRNA-Val  92.45 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00216309  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0046  tRNA-Val  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0054  tRNA-Val  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0571511  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0001  tRNA-Val  95.35 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000456569  normal  0.401472 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0041  tRNA-Val  89.83 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777781  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4668  tRNA-Val  86.49 
 
 
79 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314949  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1734  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528515  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1888  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1133  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646427  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0012  tRNA-Val  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000181787  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0076  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083212  hitchhiker  0.00562166 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0339  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0351781  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2596  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  90.57 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0006  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0041  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075941  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2457  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499895  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0004  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0212233  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0961  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0032972  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0001  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.400265  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0026  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000276019  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0001  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal03  tRNA-Val  89.47 
 
 
80 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2749  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2904  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0004  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0580435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28190  tRNA-Val  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.018303  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0004  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.105423  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0039  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00187665  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1710  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713691  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1541  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.713195  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0203  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00945827  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0004  tRNA-Val  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.559063  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0077  tRNA-Val  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00426255  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4228  tRNA-Val  88.14 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000102748  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0052  tRNA-Val  89.83 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.587124 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4229  tRNA-Val  87.1 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000067821  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4230  tRNA-Val  87.1 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000689927  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0075  tRNA-Val  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00433017  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0076  tRNA-Val  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00448767  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2580  tRNA-Val  87.1 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0938444  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0071  tRNA-Val  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.99894  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2581  tRNA-Val  87.1 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0567199  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0048  tRNA-Val  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000092114  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t56  tRNA-Val  87.72 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t35  tRNA-Val  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0521138  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1532  tRNA-Val  87.72 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000254029  hitchhiker  0.00110314 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0032  tRNA-Val  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  normal  0.0470696 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R39  tRNA-Val  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0141809  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1533  tRNA-Val  87.72 
 
 
79 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.102488  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5035  tRNA-Val  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000158599  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0053  tRNA-Val  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0699636  normal  0.799268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0054  tRNA-Val  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0691597  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>