More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_R0040 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  95.83 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  97.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02187  tRNA-Val  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0023  tRNA-Val  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0052  tRNA-Val  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00919857  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0035  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.115961  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13662  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.148645  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0032  tRNA-Val  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  hitchhiker  8.04575e-18 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0051  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.484505  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0017  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.256418  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0011  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.65946  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07697  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0073  tRNA-Val  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.618922  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0074  tRNA-Val  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.593802  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0066  tRNA-Val  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603715  normal  0.0472692 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna123  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.193593  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02186  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0051  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.959203 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0088  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.109488  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal03  tRNA-Val  94.59 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0033  tRNA-Val  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0042  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0048  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000092114  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t55  tRNA-Val  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t56  tRNA-Val  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt31  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt37  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_002950  PGt46  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0032  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  normal  0.0470696 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1919  tRNA-Val  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2148  tRNA-Val  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000010936  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0054  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0691597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0053  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0699636  normal  0.799268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0070  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0046  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020068 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1557  tRNA-Val  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.939336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5035  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000158599  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0046  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1750  tRNA-Val  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000307379  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60190  tRNA-Val  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0045  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.653402  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1520  tRNA-Val  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00188804  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0053  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0071  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193392 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1534  tRNA-Val  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0495924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2378  tRNA-Val  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000316536  hitchhiker  0.00924941 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>