175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpha266_R0012 on replicon NC_008639
Organism: Chlorobium phaeobacteroides DSM 266



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  96.61 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0044  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000172197  normal  0.222216 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0014  tRNA-Ile  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0023  tRNA-Val  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0010  tRNA-Val  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0008  tRNA-Val  88.06 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t24  tRNA-Val  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt31  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt37  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_002950  PGt46  tRNA-Ile  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tIle01  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.982278 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0088  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.109488  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0052  tRNA-Val  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00919857  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  87.27 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0051  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.484505  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  84.93 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13662  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.148645  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0017  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.256418  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07697  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0031  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_966  tRNA-Val  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00216309  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0011  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.65946  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0026  tRNA-Ile  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0035  tRNA-Ile  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.115961  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0049  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000000400511  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0026  tRNA-Val  83.33 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>