217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0035 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0051  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.484505  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0035  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.115961  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0017  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.256418  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.65946  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07697  tRNA-Ile  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.518259  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13662  tRNA-Ile  98.65 
 
 		 74 bp  139  1e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.148645  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  95.59 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt31  tRNA-Ile  95.59 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt37  tRNA-Ile  95.59 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_002950  PGt46  tRNA-Ile  95.59 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0046  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0018  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0058  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.605356  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0004  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0052  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0070  tRNA-Ile  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.187227  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0014  tRNA-Ile  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0044  tRNA-Ile  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000172197  normal  0.222216 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tIle01  tRNA-Ile  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.982278 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0018  tRNA-Met  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.144719  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0035  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1610  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0016  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.165023  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0036  tRNA-Ile  92.16 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0216959 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0054  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000202607  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0045  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000457584  normal  0.0314224 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0026  tRNA-Ile  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0003  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00141383  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0010  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0680971  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0018  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0178227  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0025  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0236183  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0081  tRNA-Ile  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000149599  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0054  tRNA-Ile  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0048  tRNA-Ile  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.884933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0012  tRNA-Ile  87.93 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.021618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0001  tRNA-Ile  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.522467  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0050  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180994 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60380  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0553441  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6152  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0718757  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60000  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0181661  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60340  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0530046  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60550  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000429447  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA14  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0900551  normal  0.0100999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA5  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA73  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00020083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5402  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0831781  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60160  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000736838  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60090  tRNA-Ile  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.270982  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0019  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.854123  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0083  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000277539  normal  0.33634 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna051  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000648525  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna50  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000949027  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0088  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000156507  normal  0.184684 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0009  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.102248  normal  0.0119324 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt016  tRNA-Ile  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00234  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna57  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000350129  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0004  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000767494  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0660  tRNA-Ile  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.834568  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0002  tRNA-Met  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0001  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14001  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0001  tRNA-Ile  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.560835  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0001  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226648  normal  0.0173253 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0001  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.531061 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0004  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0654807  normal  0.562233 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0001  tRNA-Ile  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.484512  normal  0.062918 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0005  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0019  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>