187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET_tRNA-Val-2 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_966  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00216309  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0010  tRNA-Val  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0057  tRNA-Val  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.858787  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.432227 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0048  tRNA-Val  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0021  tRNA-Val  96.88 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0017  tRNA-Val  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0037  tRNA-Val  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0260915  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0049  tRNA-Val  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0033  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435872  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0024  tRNA-Val  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0265895  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0014  tRNA-Val  86.15 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0051  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.105728  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0051  tRNA-Val  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.959203 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0008  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0052  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.106885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0051  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000148873  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0031  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.136071  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Val-1  tRNA-Val  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.301674  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0026  tRNA-Val  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000264705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08680  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00345298  normal  0.233368 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0037  tRNA-Ile  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0181  tRNA-Ile  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00212444  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6005  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.859444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0001  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.613575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0035  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.491254  normal  0.639036 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0020  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000252373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14160  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0033  tRNA-Val  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13730  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0753679  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R59  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000380652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R80  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000887019  hitchhiker  0.00768268 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R93  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000022565  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0056  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00138336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0078  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000836991  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0086  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00068353  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0001  tRNA-Val  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000456569  normal  0.401472 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0007  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000589313  hitchhiker  0.000462971 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>