128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0022 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  97.14 
 
 
77 bp  123  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  97.62 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  97.14 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  96.55 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  96.55 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  84.62 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  90 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt31  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt37  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_002950  PGt46  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0037  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0181  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00212444  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  93.55 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0031  tRNA-Ile  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.136071  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  100 
 
 
79 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0040  tRNA-Val  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  100 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  100 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>