298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_R0084 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0031  tRNA-Val  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00270422  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0073  tRNA-Val  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.618922  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0074  tRNA-Val  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.593802  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0066  tRNA-Val  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603715  normal  0.0472692 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0046  tRNA-Val  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0054  tRNA-Val  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0571511  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0088  tRNA-Val  96.92 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.109488  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0041  tRNA-Val  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777781  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0047  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000347676  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  95.38 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0062  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000022739  hitchhiker  0.00000336445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0063  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000215806  hitchhiker  0.00000333382 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  95.38 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  95.38 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0061  tRNA-Val  95.38 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000225678  hitchhiker  0.00000327406 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4668  tRNA-Val  93.85 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314949  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1734  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528515  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0961  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0032972  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2904  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2749  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0041  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0004  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0212233  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0004  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.559063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2457  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499895  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1888  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1133  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646427  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0012  tRNA-Val  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000181787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0339  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0351781  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2596  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0076  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083212  hitchhiker  0.00562166 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0001  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0006  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1201  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0742483  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1710  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713691  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0001  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.400265  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0026  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000276019  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0029  tRNA-Val  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0004  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0580435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28190  tRNA-Val  94.92 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.018303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0004  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.105423  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0039  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00187665  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1541  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.713195  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0032  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  hitchhiker  8.04575e-18 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0203  tRNA-Val  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00945827  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0075  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00433017  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0076  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00448767  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4230  tRNA-Val  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000689927  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2580  tRNA-Val  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0938444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4229  tRNA-Val  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000067821  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2581  tRNA-Val  93.33 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0567199  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t35  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0521138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA41  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.179382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA42  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191671  normal  0.176048 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0007  tRNA-Val  93.65 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00275012  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02186  tRNA-Val  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R39  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0141809  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna123  tRNA-Val  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.193593  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0045  tRNA-Val  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.431879  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>