130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_R0033 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  94.44 
 
 		 72 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  91.67 
 
 		 72 bp  95.6  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  87.84 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0014  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0013  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0026  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.851542  hitchhiker  0.00348632 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0008  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0036  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309100  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309173  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.124324  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4328  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0024  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.540332 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0014  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.167112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  85.14 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  84.72 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  92.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0016  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  84.72 
 
 		 72 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  92.31 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  84 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  87.04 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  83.78 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  84.42 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  92.11 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0017  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00199817  normal  0.0150591 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  91.3 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000000857099  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-1  tRNA-Val  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0044  tRNA-Val  83.33 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.320122  normal  0.198064 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0001  tRNA-Ile  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.826373  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>