298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0022 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  94.2 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0021  tRNA-Val  97.92 
 
 		 69 bp  87.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  94.44 
 
 		 72 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  89.61 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0023  tRNA-Val  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0036  tRNA-Val  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.432227 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  88.31 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  88.31 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  88.31 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  88.31 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  88.31 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  88.31 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  88.31 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  88.16 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  91.07 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0028  tRNA-Val  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  93.33 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0052  tRNA-Val  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00919857  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0068  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0104216  hitchhiker  0.000843897 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0111  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0150231  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0109  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124836  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0066  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00442679  hitchhiker  0.000900174 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0063  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.741524  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0060  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00132937  hitchhiker  0.000239512 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0079  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0663805  normal  0.0847945 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0084  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0193203  normal  0.0545316 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0044  tRNA-Val  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.64476  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0081  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0183039  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309173  tRNA-Val  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.124324  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02187  tRNA-Val  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0036  tRNA-Val  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0045  tRNA-Val  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0449962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAValVIMSS1309100  tRNA-Val  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0047  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0087743  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  91.84 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0029  tRNA-Val  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0007  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00275012  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0037  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00204676  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0039  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00777868  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  88.68 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  91.11 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>