279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0068 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  92.11 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0010  tRNA-Val  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0035  tRNA-Val  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00123613  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t34  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0987104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t35  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0521138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA41  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.179382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA42  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191671  normal  0.176048 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R39  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0141809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0045  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.431879  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0067  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000631396  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000545577  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00027  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.825713  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1750  tRNA-Val  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000307379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0048  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000092114  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t55  tRNA-Val  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t56  tRNA-Val  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0053  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1557  tRNA-Val  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.939336  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0042  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1888  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1133  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646427  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0012  tRNA-Val  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000181787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0053  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.855863  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60190  tRNA-Val  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0076  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083212  hitchhiker  0.00562166 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0045  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2378  tRNA-Val  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000316536  hitchhiker  0.00924941 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0339  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0351781  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2596  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0961  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0032972  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1534  tRNA-Val  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0495924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0006  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0001  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0054  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0691597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0053  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0699636  normal  0.799268 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0032  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148621  normal  0.0470696 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2148  tRNA-Val  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000010936  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0004  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.559063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0001  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.400265  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0026  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000276019  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1532  tRNA-Val  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000254029  hitchhiker  0.00110314 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0045  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.653402  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0004  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0212233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4667  tRNA-Val  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334967  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2749  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1734  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528515  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0004  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0580435  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28190  tRNA-Val  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.018303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0046  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2904  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0004  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.105423  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0039  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00187665  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0046  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020068 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5035  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000158599  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0041  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0070  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.256886 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2457  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499895  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1710  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713691  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1520  tRNA-Val  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00188804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0071  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193392 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1541  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.713195  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0203  tRNA-Val  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00945827  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1919  tRNA-Val  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0026  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.211344  normal  0.0167997 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0022  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.766553  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0017  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00286264  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0043  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0010  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00245461  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0027  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.543066  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0032  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.100652  normal  0.0918353 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0042  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00372557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0032  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000020219  hitchhiker  8.04575e-18 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0047  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.877588  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0029  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0528689 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0026  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.478102  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0016  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0039  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0358134  normal  0.456153 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0042  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.921175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0054  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0045  tRNA-Val  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_966  tRNA-Val  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00216309  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0071  tRNA-Val  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.99894  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0054  tRNA-Val  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.322484  hitchhiker  0.000000167745 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0025  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0024  tRNA-Val  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0265895  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0020  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.649475  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0050  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0857362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_R0076  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0015  tRNA-Val  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000941457  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>