124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_R0021 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_R0021  tRNA-Val  100 
 
 		 69 bp  137  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  97.92 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  97.78 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0063  tRNA-Val  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.741524  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  91.11 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna47  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.625367  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  89.36 
 
 		 75 bp  54  0.000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0048  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0008  tRNA-Val  90.48 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000957098  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0023  tRNA-Val  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  94.12 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0049  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  88.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0027  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000730329  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  90.24 
 
 		 72 bp  50.1  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  91.89 
 
 		 72 bp  50.1  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0052  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000137415  normal  0.324257 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.154596  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0025  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.962727  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0016  tRNA-Val  88.64 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  87.5 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA30  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.179401 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0049  tRNA-Val  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0028  tRNA-Val  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0041  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0041  tRNA-Val  87.23 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0784234  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>