165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0057 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0051  tRNA-Val  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.959203 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0033  tRNA-Val  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04040  tRNA-Val  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0001  tRNA-Ile  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0037  tRNA-Val  89.66 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0029  tRNA-Val  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0004  tRNA-Val  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0052  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00919857  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t24  tRNA-Val  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0025  tRNA-Val  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.19601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0074  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00199895  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t039  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t040  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0052  tRNA-Val  87.1 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.587124 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t068  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0011202  hitchhiker  0.00473676 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0073  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00216703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0061  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.144549  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0062  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.202264  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tVal03  tRNA-Val  86.21 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0089  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000402356  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0090  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000384332  normal  0.221127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0100  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00395733  normal  0.242808 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0101  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.003873  normal  0.249554 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0085  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0569302  hitchhiker  0.00000332622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0086  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.236197  normal  0.0136376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0087  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.235286  normal  0.0134883 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0119  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0067  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.325907  normal  0.0460929 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0001  tRNA-Val  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0042  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00634518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0043  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00131984  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0061  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.366342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0062  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.373541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0063  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00384271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0064  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00446845  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t069  tRNA-Val  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00122297  hitchhiker  0.00465561 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0026  tRNA-Val  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0066  tRNA-Val  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0033  tRNA-Val  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna093  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000268933  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna095  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna101  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000041783  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0057  tRNA-Val  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.858787  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna098  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0024  tRNA-Val  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.469275  hitchhiker  0.0000034793 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  93.75 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0054  tRNA-Val  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0025  tRNA-Val  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.962727  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  93.75 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0013  tRNA-Val  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.276155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0002  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.594163  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0049  tRNA-Val  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1713  tRNA-Val  86.44 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.205594  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07715  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.461139  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0034  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0899378  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0048  tRNA-Val  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>