More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0002 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0002  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.594163  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07715  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.461139  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0040  tRNA-Met  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0038  tRNA-Met  95.95 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet03  tRNA-Met  94.59 
 
 		 79 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.02291 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0030  tRNA-Met  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.410556  normal  0.490456 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0026  tRNA-Met  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000815309  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0083  tRNA-Met  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000703171  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0034  tRNA-Met  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0024  tRNA-Met  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264757  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0633  tRNA-Met  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  unclonable  0.00000000739177  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0045  tRNA-Met  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.207036  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0053  tRNA-Met  90.41 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0064  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00167035  normal  0.614853 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0005  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0099  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.69188  decreased coverage  0.00129939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0091  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0101  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.893911  decreased coverage  0.00145589 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt019  tRNA-Met  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00289748  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0004  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000171027  normal  0.958978 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0082  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0195288  normal  0.0518693 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0098  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.514232  decreased coverage  0.00128262 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0074  tRNA-Met  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0141721  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0032  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0080  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0654019  normal  0.0862038 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0093  tRNA-Met  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0094  tRNA-Met  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0095  tRNA-Met  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0096  tRNA-Met  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0097  tRNA-Met  95.83 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0062  tRNA-Met  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0560501  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0093  tRNA-Met  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.482828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0083  tRNA-Met  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0746  tRNA-Met  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0089  tRNA-Met  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000014219  hitchhiker  0.00718403 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0005  tRNA-Met  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.208114  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0041  tRNA-Met  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000116747 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0021  tRNA-Met  96 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.114788  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0068  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00886368  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t055  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00625421  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0066  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00171075  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-3  tRNA-Met  95.92 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.589398  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-4  tRNA-Met  95.92 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.567742  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-5  tRNA-Met  95.92 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t054  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00636739  hitchhiker  0.000266303 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0087  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0088  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0058  tRNA-Met  89.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0017  tRNA-Met  95.92 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.655239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t056  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0248114  hitchhiker  0.000277414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0075  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000125348  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0067  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00910637  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0045  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0079  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0080  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0081  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0082  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0051  tRNA-Met  95.92 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.289296 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0089  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0114933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0077  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852479  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0037  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48693 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0753  tRNA-Met  95.92 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0540995  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0018  tRNA-Met  95.92 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0035  tRNA-Met  95.92 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0088  tRNA-Met  95.92 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t052  tRNA-Met  95.92 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00629284  hitchhiker  0.000269982 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26130  tRNA-Met  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0061  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0108  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0137063  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0019  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000306016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0102  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.872773  hitchhiker  0.00341362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0018  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.721782  hitchhiker  0.000298186 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t029  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t030  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0093  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0020  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000296259 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0023  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00031593 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0100  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.925668  decreased coverage  0.00140231 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0090  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0112  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0139915  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0014  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000138583  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0229  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0489  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.107964  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0228  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.883109  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0021  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4588  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236199  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0078  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0079  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0078  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0634809  normal  0.33041 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0079  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.060888  normal  0.335766 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0042  tRNA-Met  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00068414  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52320  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.873423 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1572  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1607  tRNA-Met  88.89 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.836309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0107  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0531774  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0074  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0075  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.188709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0076  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.195191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1453  tRNA-Met  95.83 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>