211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0062 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna098  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02962  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03600  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna118  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000544354  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna095  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03597  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03605  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03607  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna101  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000041783  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna093  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000268933  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  95.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  95.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  95.56 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0028  tRNA-Asn  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.546995  normal  0.0230083 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0031  tRNA-Asn  95.45 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0018  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0023  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104311  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0073  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0074  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0047  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0008  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0072  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0029  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.25599  normal  0.694984 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0051  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.138562  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14010  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.5197900000000005e-29  hitchhiker  0.00000218177 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0048  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.636715 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0031  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0020  tRNA-Asn  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0053  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0024  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_R0028  tRNA-Asn  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0043  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.733845  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0018  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0032  tRNA-Asn  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.180802  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0047  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479856  normal  0.63722 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0048  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645355 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0049  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.666985 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0050  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_003295  RS04000  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000234259  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0036  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0041  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0042  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2877  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000083016  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0017  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000497879  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0018  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000318687  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0033  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0034  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000129233  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2778  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136224  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2816  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000213443  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>