More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03600 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03600  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03597  tRNA-Asn  98.65 
 
 		 73 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03605  tRNA-Asn  98.65 
 
 		 73 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03607  tRNA-Asn  98.65 
 
 		 73 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna101  tRNA-Asn  97.3 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000041783  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna095  tRNA-Asn  97.3 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna093  tRNA-Asn  97.3 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000268933  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna098  tRNA-Asn  97.3 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  94.59 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02962  tRNA-Asn  93.24 
 
 		 73 bp  99.6  9e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna118  tRNA-Asn  93.24 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000544354  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0028  tRNA-Asn  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.546995  normal  0.0230083 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0031  tRNA-Asn  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  97.78 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0072  tRNA-Asn  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0018  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0049  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.666985 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0020  tRNA-Asn  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0050  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0074  tRNA-Asn  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0008  tRNA-Asn  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0073  tRNA-Asn  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0048  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0029  tRNA-Asn  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.25599  normal  0.694984 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsn02  tRNA-Asn  87.84 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000126984  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0031  tRNA-Asn  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0023  tRNA-Asn  93.48 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00104311  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0047  tRNA-Asn  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479856  normal  0.63722 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0047  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0048  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.636715 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0053  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0051  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.138562  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14010  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.5197900000000005e-29  hitchhiker  0.00000218177 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0043  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.733845  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_R0018  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_R0032  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.180802  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0077  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000573858  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0024  tRNA-Asn  88 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0027  tRNA-Asn  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000466235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0041  tRNA-Asn  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000273116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0080  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000113933  normal  0.120667 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0081  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000113933  normal  0.124015 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0028  tRNA-Asn  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0043  tRNA-Asn  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00393457  normal  0.467977 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0024  tRNA-Asn  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0077208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0025  tRNA-Asn  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0078  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000616028  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0076  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000573858  normal  0.201215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0073  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000291565  normal  0.11439 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0078  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000554135  normal  0.120054 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0079  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000264288  normal  0.119023 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0040  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000158111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0033  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106516  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04000  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000234259  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0029  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0902412  normal  0.0228096 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2889  tRNA-Asn  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000182855  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2890  tRNA-Asn  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000200194  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2891  tRNA-Asn  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000194238  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2892  tRNA-Asn  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000182855  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2816  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000213443  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000000733307  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0052  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000077031  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0036  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0058  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0204591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0044  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.975167 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0039  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000683779  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2877  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000083016  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2933  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000103893  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2934  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000107091  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2876  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00000608308  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0041  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0042  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2504  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000220613  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1694  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655651  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1695  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000039183  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0053  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146858  normal  0.336474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0049  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0034  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000927259  normal  0.865314 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0033  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561489  normal  0.861574 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0058  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000161243  normal  0.35432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0059  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000863176  normal  0.357197 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0031  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0034  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000816877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0033  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000224831  normal  0.39291 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0034  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225096  normal  0.395781 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2815  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000000687096  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0018  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000318687  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0040  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.345644  normal  0.239692 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1828  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0033  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0034  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000129233  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0031  tRNA-Asn  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000420525  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>