More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0024 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_R0024  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0014  tRNA-Asn  97.3 
 
 
74 bp  131  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  96.72 
 
 
77 bp  105  1e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07709  tRNA-Asn  93.75 
 
 
74 bp  95.6  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0523717  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0032  tRNA-Asn  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.25038  normal  0.151728 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0014  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0054  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0048  tRNA-Asn  100 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt02  tRNA-Asn  97.73 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0014  tRNA-Asn  94 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.032449  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0056  tRNA-Asn  94 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.192263  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03597  tRNA-Asn  89.19 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03607  tRNA-Asn  89.19 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03605  tRNA-Asn  89.19 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0042  tRNA-Asn  89.71 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  94.12 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.047659  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_778  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna101  tRNA-Asn  88 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000041783  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna098  tRNA-Asn  88 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna093  tRNA-Asn  88 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000268933  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna095  tRNA-Asn  88 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0053  tRNA-Asn  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.32132  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  95.45 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  95.45 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  91.07 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0006  tRNA-Asn  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.242548  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0073  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0060  tRNA-Lys  95.45 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5662  tRNA-Lys  95.35 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864801  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5690  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  95.35 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  95.35 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  86.57 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03600  tRNA-Asn  88 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0275  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0856  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5728  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000897911  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-6  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000899771  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000759811  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525379  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  95.35 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5018  tRNA-Lys  95.35 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00214823  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5635  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.112483  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5670  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000995233  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  95.35 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5803  tRNA-Lys  95.35 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0081474  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0090  tRNA-Asn  89.83 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613104  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0028  tRNA-Lys  95.35 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0086  tRNA-Asn  89.83 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000469656  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  95.35 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5833  tRNA-Lys  95.35 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00233495  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  95.35 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0173  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0567172 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0781  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.66086e-30 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4987  tRNA-Lys  95.35 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5576  tRNA-Lys  95.35 
 
 
78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5317200000000003e-28 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1581  tRNA-Lys  95.35 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1616  tRNA-Lys  95.35 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.620085 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0004  tRNA-Asn  89.83 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.392598  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0097  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  86.57 
 
 
79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0297  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000294732  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5656  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000763421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>