90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0041 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0004  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.425707  normal  0.204781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0021  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152482 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0016  tRNA-Met  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00324355  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0044  tRNA-Met  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  93.02 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAMetVIMSS1309166  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.862204  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0002  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0003  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0503535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAMetVIMSS1309107  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.856151  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0022  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0717385  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0004  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0002  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.325318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0016  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAMetVIMSS1309092  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.164096  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0097  tRNA-Lys  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0028  tRNA-Met  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.822352  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0003  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0026  tRNA-Met  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000286775 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0028  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.570656  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0014  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.65159  normal  0.954278 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0049  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0021032  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_892  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0454631  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0022  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.622562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000224763  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0034  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000103036  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0049  tRNA-Lys  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.276362 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0034  tRNA-Met  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.903011  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1214  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.449511  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>