63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0044 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0044  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0004  tRNA-Met  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.425707  normal  0.204781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0021  tRNA-Met  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152482 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0016  tRNA-Met  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00324355  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0009  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.101954  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0390  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1788  tRNA-Met  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0076  tRNA-Met  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0875686  normal  0.0411055 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14007  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0236309 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-3  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.617808  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0046  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.216228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0020  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0038  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>