76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0007 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0021  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152482 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0016  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00324355  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0004  tRNA-Met  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.425707  normal  0.204781 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  98.36 
 
 		 74 bp  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0041  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.750372  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0041  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0048  tRNA-Met  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.758644  normal  0.700534 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0067  tRNA-Met  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.021091  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0005  tRNA-Met  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.108014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0044  tRNA-Met  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0041  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0003  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0025  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0720614  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0022  tRNA-Met  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19940  tRNA-Lys  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.53121  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0008  tRNA-Met  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0008  tRNA-Met  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0077  tRNA-Met  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0033  tRNA-Lys  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0036  tRNA-Met  87.04 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0044  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0018    84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0018  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0171602  hitchhiker  0.000301734 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166714  normal  0.0117064 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA14  tRNA-Met  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.839312 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0056  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.74619  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>