100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0045 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  90.62 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0042  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.309663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0029  tRNA-Met  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0039  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0045  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0003  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0034  tRNA-Met  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.62589  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0033  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0263488  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0017  tRNA-Met  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0044  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000000108683  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0025  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.810324  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0056  tRNA-Met  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.764712  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAMetVIMSS1309166  tRNA-Met  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.862204  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0006  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0027  tRNA-Met  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309261  tRNA-Met  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0992753 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAMetVIMSS1309107  tRNA-Met  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.856151  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAMetVIMSS1309092  tRNA-Met  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.164096  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1221  tRNA-Met  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.379489  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0022  tRNA-Met  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0717385  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0011  tRNA-Met  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000000297005  normal  0.027771 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0034  tRNA-Met  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0009  tRNA-Met  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.101954  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0008  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0069  tRNA-Met  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1609  tRNA-Met  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.824013 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1574  tRNA-Met  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0076  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0875686  normal  0.0411055 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tMet02  tRNA-Met  84.38 
 
 		 80 bp  48.1  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00802735  normal  0.195828 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0043  tRNA-Met  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619108  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0032  tRNA-Met  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1169  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000109978  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0039  tRNA-Met  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0017  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.291985 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4573  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000295037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309071  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.216172  normal  0.054895 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.194122  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.565194  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309189  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309285  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0052  tRNA-Met  91.18 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309147  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0027  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.968088 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0018  tRNA-OTHER  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309365  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0013  tRNA-Met  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>