55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4573 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4573  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAMetVIMSS1309261  tRNA-Met  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0992753 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0006  tRNA-Met  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.556154 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0011  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  unclonable  0.0000000000297005  normal  0.027771 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Met-1  tRNA-Met  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.526696  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0056  tRNA-Met  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.764712  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0003  tRNA-Met  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.128696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0013  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0008  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0026  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000286775 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0028  tRNA-Met  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.822352  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0043  tRNA-Met  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.16192 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0016  tRNA-Met  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0019  tRNA-Met  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0083  tRNA-Met  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000703171  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0024  tRNA-Met  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000264757  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0018  tRNA-Met  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000793329  hitchhiker  0.000000622773 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0009  tRNA-Met  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.101954  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0018  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-1  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0051  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.289296 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0017  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.655239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0048  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.726502  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0048  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0036  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000106815  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0036  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382466  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Met-2  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0044  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0065  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0015  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.329575  decreased coverage  0.00000481165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0050  tRNA-Met  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0034  tRNA-Met  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0048  tRNA-Met  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00409102  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0062  tRNA-Met  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0560501  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2163  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.214808  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0045  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00121636  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2250  tRNA-Met  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0046  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.300916  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0015  tRNA-Met  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0045  tRNA-Met  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0036  tRNA-Met  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.756842  normal  0.078862 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0006  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201329  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0036  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t22  tRNA-Met  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0005  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0076  tRNA-Met  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0875686  normal  0.0411055 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1453  tRNA-Met  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0036  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0041  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Met-1  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0014  tRNA-Met  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0467162  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>